免稅合并和應(yīng)稅合并的區(qū)別在于：免稅合并下，稅法不承認公允價值，免稅合并下資產(chǎn)或負債的計稅基礎(chǔ)就是原賬面價值，而取得資產(chǎn)或負債的入帳價值是其公允價值時，對于二者的差異，要確認遞延所得稅；應(yīng)稅合并下，稅法認可其公允價值，資產(chǎn)或負債的計稅基礎(chǔ)就是公允價值，不確認遞延所得稅。

什么是免稅合并

免稅合并，即被合并企業(yè)不確認全部資產(chǎn)的轉(zhuǎn)讓所得或損失，不計算繳納所得稅。應(yīng)稅合并下被合并方需要計算繳納所得稅。

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什么是應(yīng)稅合并

應(yīng)稅合并是指通常情況下，被合并企業(yè)應(yīng)視為按公允價值轉(zhuǎn)讓、處置全部資產(chǎn)，計算資產(chǎn)的轉(zhuǎn)讓所得，依法繳納所得稅，合并企業(yè)接受被合并企業(yè)的有關(guān)資產(chǎn)計稅時可以按經(jīng)評估確認的價值確定計稅基礎(chǔ)。

免稅合并形成的商譽所得稅問題

稅法不認可免稅合并產(chǎn)生的商譽，即商譽計稅基礎(chǔ)為0，商譽賬面價值則形成應(yīng)納稅暫時性差異，但會計上不確認遞延所得稅負債。原因有二：

第一，若確認，則產(chǎn)生新的遞延所得稅負債，進而改變商譽賬面價值的計算結(jié)果（增加）商譽賬面價值增加后，又產(chǎn)生遞延所得稅負債，從而二者無限循環(huán)；

第二，由于確認遞延所得稅負債，導(dǎo)致商譽賬面價值增加，影響會計信息的可靠性。

免稅合并的所得稅處理

被合并方可以不確認全部資產(chǎn)的轉(zhuǎn)讓所得或損失，不計算繳納所得稅。被合并方的全部納稅事項由合并方承擔(dān)，以前年度未超過法定彌補期限的虧損，可由合并方用以后年度實現(xiàn)的與被合并方資產(chǎn)相關(guān)的所得彌補。合并方接受被合并方全部資產(chǎn)的計稅成本，須以被合并方原賬面凈值為基礎(chǔ)確定。